Første gangen vi stifter skriftlig bekjentskap med Havøysund er gjennom en skatteliste fra 1668 der to personer betalte skatt.
Det var økonomiske krisetider etter 1630 i kyst-Finnmark, og deler av befolkningen i Ingøy og Hjelmsøy prestegjeld søkte alternative boplasser i nærområdet. Vi kan likevel ikke snakke om noen fast bosetting i Havøysund.
På 1700-tallet bodde det mellom 3 og 7 familier i Havøysund. Den første handelsmannen i Havøysund var Andreas Outzen som fikk bevilgning til å drive forretning i 1811. Fra 1921 drev Christian Schwensen fra Talvik et handelssted. Deretter fulgte Hans Ulich som ble en viktig lokal handelsmann. Hans Ulich var også den første ordføreren i Måsøy kommune.
Omkring 1900 var havnen gått over til H.& G.Rasch. Rasch fikk satt opp en båtslipp på stedet der hotellet nå ligger. Slippen var i drift til 1926. I 1928 kom Trondheimsfirmaet "Bysting" og etablerte et fiskeoppkjøp på fastlandssiden. En ny slipp ble bygd like øst om Klokkerjordet. Samtidig ankom Arnzen til stedet og etablerte fiskeoppkjøp med primær vekt på ferskfiskeksport. Bedriften ble senere overtatt av Th.Haagensen. All aktiviteten medførte at Havøysund hadde tre fiskebruk i 1940. I etterkant av 2.verdenskrig ble "Havøysund Fiskar-samvirkelag" stiftet. Mellomkrigstiden hadde vært svært vanskelig for både fiskere og kjøpere. I 1938 kom Råfiskloven med en minste-pris garanti.
Samvirketanken stod sterkt blant fiskere i Nord-Norge. Havøysund Fiskarsamvirkelag ble stiftet i 1945 og varte til 1987. Lagets første formann ble Trygve Olsen fra Havøysund. Fiskarsamvirkelag var den første bedriften i Finnmark som begynte med frossen-filetproduksjon etter krigen. Før krigen hadde fisken stort sett blitt tilvirket som salt- og tørrfisk.
Først på 1950-tallet ble Havøysund et mer betydelig fiskevær. I 1960-årene finner vi en større differensiert fiskeflåte - fra småsjarker til loddesnurpere. En utvikling som ga Havøysund et navn som kysthavn utenfor kommunens grenser.