Opprettelsen av Fruholmen fyr var en del av statens strategi omkring 1850 hvor satsing på havneutbygging og fyranlegg langs kysten stod sentralt. Byggingen av fyret pågikk i årene 1864, 1865 og deler av 1866. Arbeidslaget bestod vesentlig av sunnmøringer, samt anleggsarbeidere fra Måsøy kommune. Fyrtårnet i støpejern ble levert av Marinens verft i Horten, mens lyktehuset kom fra Nes jernverk. Fyrlykten ble tent 25.august 1866.
I 1931 ble det lagt ut telefonsamband til Fruholmen fra Ingøy med midler som kvinner på Ingøy hadde samlet inn. I tillegg ble det nå opprettet en varslingsstasjon hvor det ble heist stormvarslere for fiskeflåten. Inntil omkring 1960 var det vanlig å ha geiter og sauer på Fruholmen som et ledd i selvbergingstrategien. Mannskapet på fyret fikk forsyninger fra Finnes på Ingøy. Da Finnes ble lagt øde omkring 1970 ble innkjøpene foretatt på Inga. Under 2. verdenskrig ble alt av bygninger og inventar brent ned.
I 1963 ble det lagt ut kabel fra Ingøy og fyrstasjonen fikk strøm fra Repvåg Kraftlag. Inntil 1973 hadde arbeiderne på fyret familiene med seg, nå ble det heller til en turnordning for fyrbetjenter. I dag er fyret ubemannet. Likevel sender Fruholmen fyrstasjon åtte meteorologiske meldinger i døgnet, og er slik sett en aktiv part i kystkartlegging.